Công ty Yến sào Khánh Hòa là doanh nghiệp Nhà nước được thành lập theo quyết định số 78/QĐ-UB ngày 16/01/1993. Đến ngày 26/10/2009, Công ty Yến sào Khánh Hòa chuyển đổi thành theo mô hình Công ty trách nhiệm hữu hạn nhà nước một thành viên 100% vốn nhà nước theo quyết định số 2692/QĐ-UBND của UBND tỉnh Khánh Hòa về việc phê duyệt điều lệ tổ chức và hoạt động của Công ty TNHH Nhà nước một thành viên Yến sào Khánh Hòa.

Công ty Yến sào Khánh Hòa được UBND tỉnh giao nhiệm vụ quản lý, bảo vệ, khai thác, chế biến nguồn tài nguyên Yến sào. Với truyền thống bề dày kinh nghiệm và những thành tựu nghiên cứu khoa học về phát triển quần thể chim yến, phát triển hang đảo yến mới, Công ty hiện đang quản lý 32 đảo yến với 169 hang yến và 26 đơn vị trực thuộc, Công ty cổ phần thành viên với hơn 5.500 lao động có trình độ và tay nghề cao. Công ty đã thực hiện nhiều giải pháp kỹ thuật đồng bộ tại các hang yến, nâng cao sản lượng và chất lượng yến sào đảo yến thiên nhiên Khánh Hòa, năm 2015 sản lượng đạt 3.401 kg, tăng  hơn 1.200 kg so với năm 2001. Công ty đã phát huy thế mạnh của nhà khai thác trực tiếp nguồn tài nguyên yến sào đảo thiên nhiên, và trở thành đơn vị dẫn đầu cả nước và châu Á về sản lượng Yến sào thiên nhiên. Đồng thời, Công ty thực hiện liên kết hỗ trợ, khôi phục, phát triển các đảo yến, hang yến thiên nhiên tại các tỉnh duyên hải trải dài từ Quảng Bình đến Côn Đảo, vực dậy tiềm năng phát triển các hang đảo yến ở Khánh Hòa và trên toàn quốc.

Trước đây, yến sào chủ yếu được khai thác và xuất bán thô với các loại: yến huyết, yến hồng, yến quang, yến thiên, yến bài, yến địa và yến vụn. Với ước mơ phổ biến hóa giá trị dinh dưỡng của yến sào đến với cộng đồng, năm 2002, Công ty đã thành lập Xưởng Chế biến nguyên liệu yến sào sản xuất các sản phẩm yến tinh chế đầu tiên với dạng hộp trọng lượng 3g, 5g, yến nguyên tổ thành phẩm 20g tiện dụng cho người tiêu dùng. Năm 2009, Xưởng chế biến yến sào đã đưa ra dòng sản phẩm mới: yến đảo tinh chế hộp 50g, 100g; yến thành phẩm nguyên tổ 50g, 100g. Đến năm 2012, Công ty đưa ra thị trường dòng sản phẩm yến tinh chế dành cho người ăn kiêng hộp 3g, 5g; đáp ứng nhu cầu thị trường.

Thực hiện chiến lược đa dạng hóa sản phẩm, phổ biến hóa giá trị bổ dưỡng của yến sào đảo thiên nhiên đến cộng đồng, năm 2002 Công ty khởi công xây dựng Nhà máy NGKCC Yến sào tại xã Suối Hiệp, huyện Diên Khánh với thiết kế ban đầu là 5 triệu sản phẩm/năm. Việc xây dựng nhà máy là một bước tiến rất quan trọng, đáp ứng nhu cầu thị trường. Các sản phẩm được chế biến từ yến sào đảo thiên nhiên bổ dưỡng mang thương hiệu Sanest dần dần đến với người tiêu dùng trên cả nước. Uy tín thương hiệu Sanest Khánh Hòa ngày càng được khẳng định khi sản phẩm nước yến lọ cao cấp Sanest được xuất khẩu sang thị trường Đài Loan, Hồng Kông, Trung Quốc năm 2005, năm 2010 xuất khẩu sản phẩm sang thị trường Mỹ, năm 2011 mở chi nhánh tại Lào, Campuchia và các nước Asean.

Năm 2007 được sự quan tâm của Đảng Ủy và Ban Tổng Giám đốc Công ty, Trung tâm Dịch vụ Du lịch Sanest Tourist đã đi vào hoạt động, với các dịch vụ Tour du lịch hoàn toàn mới lạ như: Tour du lịch đảo yến Hòn Nội, Du ngoạn biển về đêm và Tour câu cá. Đến nay, Trung tâm đã mở rộng thêm nhiều loại hình du lịch sinh thái biển đặc sắc, thu hút nhiều du khách đến với Nha Trang.

Trên cơ sở thành công dự án thực nghiệm nuôi chim yến hàng với quy trình ấp nở nhân tạo và nuôi chim yến qua từng giai đoạn phát triển, năm  2007 Công ty thành lập Trung tâm Kỹ thuật Nuôi chim yến trong nhà Sanatech. Thực hiện nhiệm vụ chuyển giao bí quyết kỹ thuật, công nghệ ấp nuôi nhân tạo chim yến; tư vấn giải pháp tăng quần thể đàn chim yến. Đến nay, Công ty đã hoàn thiện các bước kỹ thuật nuôi chim yến trong nhà đạt hiệu quả cao, chủ động nguồn giống chim yến, sản lượng thu hoạch yến nhà ngày càng tăng. Ban kỹ thuật Công ty, Xí nghiệp thiết kế xây dựng nhà yến Sanatech Land, Trung tâm Sanatech xây dựng thành công 500 nhà yến, tư vấn 700 nhà yến/2.614 nhà yến trên toàn quốc, ngày càng khẳng định vị thế, uy tín cao trong hoạt động chuyển giao kỹ thuật công nghệ nuôi chim yến trong nhà cho người dân cả nước, phát triển nghề nuôi chim yến tại Việt Nam.

Cũng trong năm 2007, Công ty đã đầu tư nhiều công trình dự án: đưa Nhà máy Thực phẩm cao cấp Sanest Foods đi vào hoạt động với sản phẩm đầu tiên là bánh cao cấp yến sào Sanest Cake. Đây là nhà máy đầu tiên tại Việt Nam sản xuất bánh cao cấp yến sào. Năm 2009, nhà máy thực hiện sản xuất Bánh Trung thu yến sào bổ dưỡng cao cấp nhưng vẫn đậm đà hương vị cổ truyền với mẫu mã sang trọng và đẳng cấp. Đầu năm 2015 nhà máy đưa ra thị trường sản phẩm Dược tửu Hải mã Yến sào Khánh Hòa.

Để nâng cao năng suất, hiệu quả trong hoạt động sản xuất kinh doanh và mở rộng thị trường, từ năm 2005, Công ty chủ động đầu tư xây dựng nhiều nhà máy mới: Nhà máy Nước Giải khát Cao cấp Yến sào Cam Ranh với công suất 50 triệu sản phẩm/năm; Nhà máy Chế biến Nguyên liệu Yến sào Diên Khánh với công suất 30 triệu sản phẩm/năm; Nhà máy Nước Giải khát Sanna tại Cam Ranh, Trung tâm Phố đi bộ, Xây dựng Trung tâm dịch vụ tuyến Bắc Nam; Cảng Yến sào,  mở rộng hệ thống Nhà hàng Yến sào, cửa hàng giới thiệu sản phẩm trên toàn quốc; Khai trương Trung tâm Yến sào Khánh Hòa tại Phú Yên.

Với đội ngũ kinh doanh tâm huyết và tận tụy tại các chi nhánh Hà Nội, Thành phố Hồ Chí Minh, Đà Nẵng, các vùng thị trường Bắc Trung Nam, các dòng sản phẩm của Yến sào Khánh Hòa đã có mặt trong hệ thống các cửa hàng, siêu thị trên toàn quốc, hình thành hơn 1.000 nhà phân phối, đại lý trong 63 tỉnh, thành từ Lạng Sơn đến Cà Mau.

Công ty Yến sào Khánh Hòa thực hiện phát triển hệ thống showroom bán hàng, tăng độ bao phủ và sự hiện diện các Cửa hàng giới thiệu sản phẩm Yến sào Khánh Hòa tại các tỉnh thành trên cả nước. Chú trọng nghiên cứu phát triển nhiều dòng sản phẩm từ yến sào, đưa giá trị bổ dưỡng của Yến sào đảo thiên nhiên Khánh Hòa đến với cộng đồng. Chú trọng nâng cao chất lượng sản phẩm đáp ứng các tiêu chuẩn ISO, HACCP, GMP và các tiêu chuẩn quốc tế. Triển khai hệ thống phần mềm quản lý bán hàng trên toàn hệ thống bán hàng của Công ty. Tăng cường công tác chăm sóc khách hàng, thành lập trung tâm dịch vụ khách hàng tại các chi nhánh, tổ chức hội nghị khách hàng toàn quốc hằng năm và cho khách hàng đi tham quan, học tập trong nước và quốc tế. Đẩy mạnh xuất khẩu vào các thị trường trọng điểm: Úc, Canada, Đài Loan, Singapore, Hàn Quốc, Hồng Kông, Mỹ, Lào, Campuchia. Thành lập văn phòng Đại diện và showroom giới thiệu sản phẩm tại nhiều nước trên thế giới; khẳng định vị thế thương hiệu Yến sào Khánh Hòa là thương hiệu mạnh và uy tín trên thị trường trong nước và quốc tế.