Tiền thân của Bệnh viện là Viện Y học lâm sàng các bệnh Nhiệt đới, đơn vị được phong tặng Anh hùng Lao động năm 2004 vì có thành tích xuất sắc trong chống dịch SARS.

Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương luôn là nơi điều trị các bệnh Truyền nhiễm và Nhiệt đới có chất lượng hàng đầu và được sự tin cậy của người bệnh. Bệnh viện có phòng cách ly áp lực âm thuộc loại hiện đại trên thế giới, vừa qua nhiều bệnh nhân cúm rất nặng được cứu sống tại đây.

Trong kế hoạch nâng cao cơ sở vật chất, Bệnh viện đã hoàn thành xây dựng mở rộng trụ sở hiện tại với một khu nhà 6 tầng để tăng cường các buồng bệnh.

Hiện tại bệnh viện đã áp dụng công nghệ thông tin cho nhiều hoạt động như khám, kê đơn thuốc, chỉ định xét nghiệm, lưu trữ bệnh án, viện phí... Có hệ thống wifi internet miễn phí phủ sóng toàn bộ bệnh viện. Có hệ thống hội thảo trực tuyến, kết nối Bệnh viện với các bệnh viện lớn trong nước và một số nước trên thế giới.

Bệnh viện luôn là đơn vị đi đầu và làm nòng cốt khi có dịch bệnh nguy hiểm và các dịch bệnh mới xuất hiện. Những năm vừa qua, dưới sự chỉ đạo của Bộ Y tế Bệnh viện nhanh chóng dập tắt các dịch nguy hiểm như SARS, cúm gia cầm H5N1, cúm A H1N1, dịch tiêu chảy cấp nguy hiểm,liên cầu lợn, dịch sởi, sốt phát ban, ... Ngoài việc tổ chức, chỉ đạo chống dịch Bệnh viện tham gia cùng Bộ Y tế xây dựng các phác đồ chẩn đoán, điều trị các bệnh Truyền nhiễm và Nhiệt đới.

Hệ thống Khoa xét nghiệm được sự tài trợ của ĐH Oxford, Vương quốc Anh, trang bị các máy xét nghiệm hiện đại, như  Xét nghệm căn nguyên virus, vi khuẩn, ký sinh trùng bằng PCR, RT-PCR (định lư­ợng virus viêm gan B, C, virus HIV...), Giải trình tự gen, Xác định kháng thuốc HBV, HCV, Xác định vi khuẩn và kháng sinh đồ bằng máy định danh tự động VITEC 2 Compact.

Về công tác chỉ đạo tuyến, năm 2010 bệnh viện được Bộ Y tế phân công chỉ đạo tuyến cho hệ thống truyền nhiễm miền Bắc, miền Trung – Tây Nguyên. Hàng năm bệnh viện tổ chức nhiều đoàn kiểm tra giám sát, hỗ trợ kỹ thuật cho tuyến dưới. Đồng thời Bệnh viện hoàn thành xuất sắc việc thực hiện đề án 1816 của Bộ Y tế (trong 2 năm thực hiện BV đã tổ chức 36 lượt hỗ trợ tuyến dưới).

Công tác đào tạo, do có lợi thế Bộ môn truyền nhiễm Đại học Y Hà Nội được đặt tại Bệnh viện, hàng năm Bệnh viện tổ chức nhiều lớp đạo tạo như: Đào tạo nâng cao chuyên môn nghiệp vụ cho các bệnh viện các tuyến; Đào tạo chăm sóc điều trị HIV/AIDS cho các tỉnh trong cả nước thuộc chương trình mục tiêu Quốc gia; Đào tạo sinh viên đa khoa năm thứ 5, các lớp đào tạo cao học, nội trú, chuyên khoa 1, của ĐH Y HN và một số cơ sở đào tạo Y dược khác.

Công tác nghiên cứu khoa học, từ năm 2006-2010, Bệnh viện đã thực hiện các đề tài nghiên cứu khoa học cấp Nhà nước, đề tài cấp Bộ, đề tài cấp Bệnh viện. Ngoài ra Bệnh viện còn tham gia hợp tác nghiên cứu với các tổ chức nước ngoài như Đại học Oxford (Anh), Đại học Tufts  (Mỹ), tổ chức IMCJ (Nhật) trong lĩnh vực các bệnh Truyền nhiễm mới nổi (như bệnh Cúm, bệnh do liên cầu lợn…) và các bệnh khác như HIV/AIDS, viêm gan. Hiện đang triển khai kỹ thuật mới như cấy vi khuẩn kỵ khí, nghiên cứu vi khuẩn đa kháng thuốc.

Trong lĩnh vực hợp tác quốc tế, Bệnh viện hợp tác nhiều nước trên thế giới như Anh, Hoa Kỳ, Nhật Bản, Úc,... nhằm chia sẻ thông tin, xây dựng  mạng lưới cảnh báo dịch bệnh, tạo thêm nguồn lực góp phần nâng cao chất lượng cơ sở vật chất của bệnh viện và trình độ cán bộ viên chức thông qua dự án hợp tác, viện trợ, hỗ trợ học tập tại nước ngoài v.v...

Trong giai đoạn tới, Bệnh viên tập trung các nguồn lực vào nhiệm vụ chính:

• Phấn đấu sớm hoàn thành xây dựng bệnh viện mới quy mô 1000 giường, hiện đã được UBND TP Hà Nội phê duyệt quy hoạch chi tiết xây dựng 1/500 tại xã Kim Chung, Đông Anh, Hà Nội.
• Tham gia cùng Bộ Y tế xây dựng một mạng lưới chuyên khoa Truyền nhiễm trong cả nước đạt hiệu quả cao, để  phòng chống dịch bệnh, chăm sóc sức khỏe nhân dân.